而隨著經濟的發展和競爭的日益激烈，其面臨的挑戰也日益加劇。我國物流配送中心的發展是迅速的，但其管理方面存在的問題也是不容忽視的。現在的市場上，物流配送中心也存在著這些問題：
配送中心現代化程度低
目前，我國配送中心大多只將計算機用于對日常事務的管理工作。而對例如貨物組配方案、最佳庫存控制等物流管理中的諸多問題仍舊處于人性化決策狀態，無法發揮信息化市場的優勢，且物流配送信息系統的滯后性也在我國物流業根深蒂固，造成了巨大的影響。
管理方法不得當
無論就設備還是技術方面而言，物流配送中心的配備都是較為陳舊的。由于配送技術資金投入不足，技術開發機構和專業人才匱乏，沒有適合自己的配送軟件和應用系統，管理水平明顯不足，貨物的清點、分揀、擺貨等消耗人力巨大且錯誤頻出，且不便于記錄，為后續工作帶來了很大的困難。
配送規模較小，管理混亂
由于較長一段時間以來的行業限制和地域分割限制，我國物流配送業的規模一般都不大，物流站點無法做到統一統籌，普遍存在著散、小、差的情況，物流站點布局分布不合理，因此我國物流中心大多無法形成規模優勢，且其管理模式普遍不合理，甚至極其混亂，這也是我國配送中心長期存在的重大問題之一。
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